Naj navedem tiste načine uravnoteženja črevesne biote, ki jih sodobna znanost najpogosteje preučuje tudi pri otrocih:
Uravnoteženju črevesne biote koristi že uživanje prebiotikov, to je kompleksnih ogljikovih hidratov, ki za ljudi niso presnovljivi, so pa hrana koristnim črevesnim bakterijam. To je najblažja oblika vplivanja na črevesno bioto.
Močnejši vpliv ima (peroralno) uživanje probiotikov, to je, živil, dopolnil oz. zdravil, ki vsebujejo koristne črevesne bakterije.
V specializiranih institucijah opravljajo presaditev fekalne mikrobiote (FMT – Faecal Microbiota Transplantation), pri kateri vnesejo v črevo bolne osebe mikrobioto iz črevesja zdrave. Tega postopka v Sloveniji še ne opravljajo, nam najbliže jo opravljajo na Hrvaškem (KBC Rijeka) in na Slovaškem (Bratislava).
